保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险,而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现,现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们,等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们,受到异常的数码世界排斥,返回现实世界, 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策,与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音,都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后,残酷的命运,甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
在误打误撞中,耕平破坏了古堡的封印,他和叶月得以重获自由。 就这样,无依无靠的叶月住进了耕平的家。虽然个性有些任性,但叶月的善良和不谙世事打动了耕平,在她的身上,耕平仿佛看到了自己的影子。于是,耕平决定带领叶月,踏上替她寻找母亲的旅程。随着叶月的身世渐渐浮出水面,来路不明的敌人也接二连三的出现,在叶月和耕平的身上,究竟隐藏了什么不可告人的秘密呢?