故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史 配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？ 活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠 配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音 配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子 配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青 配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静 配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。
为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
