可可（卓娜饰）勒死了她的双胞胎妹妹，并被她的父母送往精神病院。在这个“特别”的地方，她用黑色的乌鸦毛当天使，遇到了卷毛（浅野忠男饰）和小武（桥本光一饰）。三人成了朋友。
日本防卫省特种部队的精英内岛维辰（木佩·希娜饰）向学生们介绍了这种怪物。他拥有20马赫的超高速，人类的普通武器对他没有任何影响。为了防止怪物在一年后阴谋毁灭地球，人类必须想办法消灭他。而怪物自愿担任E班的班主任长达三年，因此无能为力的学生承担起了刺杀怪物的责任。之后，学生们接受了内岛的严格训练，刺客碧姬（Kei饰演）、智能机器人自主思考固定炮塔（桥本春奈饰演）、转学生森荷里（Kato Keishiro饰演）和教官秋原明（Takashima Masahiro饰演）等强大对手也纷纷来到这个暗杀教室，离奇的“杀害老师”将面临无休止的暗杀行动。。。这部电影改编自松井有政的流行漫画。
