主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。神山健二和荒木真司拓展了标志性科幻系列《攻壳机动队》的视野,带领大家畅想2045年的未来世界。电子脑犯罪案件再次到来,身强力壮的人造人Suko Caosha带领公安九班查看并打击此案。