1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
克拉拉隶属于莫斯科华巴团,由于一场事故,她的团队被彻底摧毁。克拉拉是他们中唯一的幸存者。性格像男孩一样无忧无虑、粗暴、暴力,像女巫东谷敏夫(上田正树配音)、拥有超高智商的天才忍者山村正鲁(山村和香配音)和高大英俊的帕尔马(福原雅香配音),既能吃男人也能吃女人。花卉小组的成员共同努力,调查莫斯科花霸垮台背后的真相。