3天前，在京都市内发生了一起奇怪的事件，在死者咖啡店老板武村勇介的遗体上，发现了3个汉字连在一起的红色墨水写下的“男”字。奇怪的是，5年前在东京都内也有两名IT界人士相继被杀，在各自的现场留下了“虫”和“品”的红色墨水文字，至今仍是未解决的案件。 在事件现场留下的，朋和理沙注意到了现场留下的都是三个汉字连在一起的“品”形文字。她们认为很有可能是凶犯时隔五年再次犯案。尽管这一猜想被上司否定，朋和理沙仍然没有放弃，继续寻找着时间的真相。 就在这个时候，她们得知了被杀的武村在4,5年前曾就职于最大的软件公司这一线索。而且，武村被杀的两天前，与该软件公司的社长有过会面。为了进一步搜寻线索，朋和同事一起前往该软件公司，却不料吃了闭门羹。 就在此时，东京都内竟然又发生了新的杀人事件。看到留在现场的红色墨水的“品”形文字，理沙立刻改变了眼神，洞察出了事件的不简单...
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
