为了同这股势力抗争,一群名为“舰娘”的女孩子们出现了,在她们的体内,栖息着舰艇之魂,亦是明日呢化身成为各式各样的战舰,为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里,舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练,某日,一位名叫吹雪(上坂堇 配音)的活泼女孩出现在了大家的面前,初来乍到的她踌躇满志,热情满满地加入了舰队的新生活中去,在这里,充满了精彩和刺激的日常就此展开。
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統,這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明,並進行解碼。