在熏风高中上学的纯朴少年小山田耕太,迎来了来到城市后的第一个暑假。 这也是和学园的园花、也是狐妖的源千鹤交往后的第一个夏天。 浑身洋溢着轻松感的日子——耕太和千鹤,还有伙伴们,接下来将会有怎样一番经历呢?
1999年,由于数字世界中数据的异常激增,数字世界与现实世界之间的联系被破坏。在地球上,奇怪的自然现象也随之发生:东南亚没有降雨,所有的池塘都干涸了;由于持续的大雨,中东地区发生了洪水;美国遭遇了有史以来最冷的冬天。
所谓的PET指的是有能力改变他人记忆的超能力青少年。他们被黑社会管理层操纵,为黑社会实现隐藏的目标,而这群“PET”的头目实际上是为了拯救他们的同伴而逃离黑社会的。