故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
新田一气之下，杀到了牧野所在的意大利餐厅，结果引发了难以收场的大混乱。那边厢，自称皇族的樱小路夫妇（里见浩太朗 & 富司纯子 饰）在出租车司机（泷藤贤一 饰）的带领下游览东京，度过他们难得的二人时光。另一头的街上，黑道大哥宇田川勇司（寺岛进 饰）带着小弟（高桥努 饰）劫走了小学生江藤理香（浜辺美波 饰），却并不着急索要赎金。警察局一方，小野刑警（高岛政伸 饰）则与神秘的占卜婆婆（りりィ 饰）相周旋。 短暂的一天里，许多人的命运发生翻天覆地的改变……
