故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist(和平主义者的战场),地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外,希罗等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃,然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬,战乱再一次燃起。
濑能名津流(井上麻里奈 配音)只是一个普通的高中生,但是,某一日,被选中的他居然变身成为了女体!并且,一只陪伴在他身边的内脏玩偶切腹虎(野村道子 配音)开口说起了话。