黄历时代3015年,世界被两个超级大国之间的冷战撕裂,原本保护尼尔·卡米岛国的“红龙”发生政变,勃然大怒。为此,三国精英组成了一支名为“混合调查队”的部队,岛国的命运即将降临到他们身上故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生,学校不得不关闭,就在这时,九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。