位于东京西部的一座校园城市，占地三分之一，人口超过230万，80%以上由学生组成。随着尖端技术的快速发展，超级大国的发展已经渗透到城市的每一个角落。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
魔术师用他的魔法创造了一扇连接两个世界的“门”，将“洞穴”中的人类作为练习魔法的实验对象，而遭受巨大痛苦的洞穴居民也反抗魔术师。主人公开曼是“洞穴”的神奇受害者之一。由于魔法的作用，开曼的头变成了一只蜥蜴，失去了所有的记忆。然而，开曼群岛的身体因此拥有一种神奇的无效免疫系统。为了寻找记忆并恢复它们的原貌，Cayman和他的朋友Second order Hall开始寻找魔术师。“魔术师世界”的刺客也出现在“洞穴”中，战斗迫在眉睫
