这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同,是一个和平稳定的世界,四季如春。有一天,被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了,朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。高中生加藤加藤(Odo Daisuke配音)和他的弟弟过着相互依赖的生活。一天,加藤加藤的地铁站遭到一名滥杀滥伤的凶手的袭击。为了救一个人,加藤胜信不幸地被几处伤夺去了生命。