这个宁静的山村已进入雨季。村里的老伐木工人安克彦（石锁光司饰演）是一个保守的人，与儿子关系紧张。在上班的路上，他为新任导演田边敬一（小栗旬饰演）和来自东京的副导演带路，这让他参与了一部僵尸电影的外景拍摄。
包括Yoshitaka（由Osamu Sakuchi配音）、Takashi Kobayashi（由Toshiro Hiroshi配音）、Ayamura Daiichi（由Jiwa Sugida配音）和Momoko Bani（由Yuka Inoguchi配音）在内的15名年轻女孩正在急切地为即将到来的暑假做准备。就在这时，一个名叫科科·贝利的神秘男子突然出现，并邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中，他们将驾驶巨大的机器人与邪恶的外星物种作战。在一半的努力中，孩子们和Coco Bailey签订了合同，一旦合同签署，无论发生什么，孩子们都不能放弃这场比赛。然而，他们没有想到的是，用于大规模机器人操作的能量实际上是他们的生命。也就是说，无论是失败还是胜利，每一位车手都只面临一个结局，那就是死亡。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
