真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。