一场意外的发生让玲二得到了进入轰周宝家中做他的贴身保镖的机会，在那里，玲二见到了老大的女儿轰迦莲（本田翼 饰），莲表面看来是一个单纯善良的女学生，实际上却是十足的混混。在迦莲的百般诱惑下，玲二能否守住对恋人纯奈（仲里依纱 饰）的忠诚？ 新上任的督察兜真矢（瑛太 饰）调动各方警力步步紧逼追踪着玲二的下落。与此同时，迦莲遭到了轰周宝的死对头樱骂百治（古田新太 饰）的绑架，被送往了地下人口拍卖会沦为商品。
世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校，普通高中生青间裕二（小林裕介配音）即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng（石川静香配音）实际上是石冈学院学生会的副会长！在这些“恐怖分子”的影响下，日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿（日井里美配音）不成熟的外表和成熟的内在美，以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复（Horie Yuyi配音）？
中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
