南光太郎和秋月信彦在一个日食的日子出生、并且以兄弟的身份被扶养长大。信彦的父亲，秋月总一郎是秘密组织戈鲁戈姆的成员之一。在光太郎和信彦19岁生日那天，两人被这个秘密组织捉去改造成为戈鲁戈姆的支配者·创世王的候补者·世纪王。
一次意外中，更达和更纱遭遇了赤王朱里（井上和彦 配音）的军队，所幸被扬羽（盐泽兼人 配音）所救。数年后，赤王的军队以造反罪处死了更达，为了复仇，悲愤的更纱女扮男装扮作更达带领村民们逃离故土。 传说中，只要寻得四把宝刀，即可获得强大的力量，心中充满仇恨的更纱踏上了寻刀之旅。可是天意弄人，在途中，她与朱里相遇了。不是以赤王和更达的身份，作为一个普通女子和一个寻常男子，不知情的两人相爱了。背负着沉重宿命的两人在得知真相后皆痛不欲生，但是责任与道义使得二人不得不兵戎相向。最终，更纱决定放弃更达的身份，放弃憎恨和复仇，她原谅了朱里，可是一直支持她的众人却不能原谅她。
2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
