由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲，导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上，主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时，与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起，实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”，并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中，青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析，哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余，即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了，现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了，消失了。”面对他们，庆南回答说，“这是用人手夺回地球的最后机会。”，注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的，他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的，他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”，并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
在都内的某所高中，某天转入了两位转学生。她们是认真而天然、无法判断其言行的洲崎绫，以及展露天真烂漫的笑容、发呆吐槽皆有所长的西明日香。时而困惑时而爆笑，明日香和绫今天也度过快乐的一天。
一只名叫“卡巴内”的钢铁怪物突然出现在人类社会中，引起了极大的恐慌。被它们攻击过的人类将有能力从死亡中复活，并开始攻击自己的物种。在怪物的猛烈攻击下，人类社会迅速解体，幸存的人们建立了堡垒“驿站”，依靠相互交流和生存。
