14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。以受到网络犯罪威胁的现代日本为舞台,将江户川作品中的人物“怪人二十张脸”改编成一个国际黑客组织。