尽管成濑幸男（松冈正雄配音）制造的炸弹摧毁了帝国三分之一的战力，但他们仍然面临着众多的对手。我们与敌人之间存在着巨大的差距，获胜的希望渺茫。在关键时刻，骑士团下属的阿修罗队队长阿修罗叛逃并加入了阿基德。在决战前夕，Akid剪掉了自己的一小撮头发，交给Rilla Malukar（坂本正也配音）。经过战争的洗礼，他们的关系悄然发生了变化。无论是希望还是绝望，前方的道路都将迷失
当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
