U.在C.0097年期间,“拉普拉斯事件”的争端结束后,戈达德号这两只独角兽被秘密封存,新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际,失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
某个平平无奇的早晨,当小林睁开眼睛时,却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边,机器人名叫可美克(斋藤千和 配音),它此番前来寻找小林,竟然是为了和他结婚。就这样,小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活,与此同时,陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉(高桥美佳子 配音)、电波少女早川美咲(钉宫理惠 配音)和搜查官黑崎凉子(白石凉子 配音)。