21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。伴随着“空间震”这一前所未有的灾害,出现了一些称为“精灵”的神秘少女,对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们,数十年间,人类从未停止对抗她们的步伐。