游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
只有解决事故的关键点，时间才能顺利度过。在遭遇车祸后，住在北海道的母亲来到了吴的公寓。然而，不久之后，她的母亲被进入房子的人杀死了。吴在躲避警方追捕时进入“重新释放”，但意外地在1988年回到了小学。当时，同一个名叫初月家代（铃木丽阳饰）的小镇被一名连环杀手杀害，而吴最信任的哥哥白鸟润（林卓度饰）成为嫌疑人。仿佛是为了防止悲剧发生，吴回到了所有悲剧的起源
支笏湖畔で朝を迎えた百合子は、杉野の目覚める前に旅館を出て、室蘭に向った。そこにはかつての恋人、今井が待っていた。彼女は今井につき添ってもらい、病院を訪ねたが、結果は彼女の想像妊娠にすぎないことが分った。そこへ、百合子を追ってきた杉野が現われた。当然のように、百合子をはさんで、杉野と今井は対立した。杉野には、今井が百合子とどんな関係にあるのか分らなかった。一方、百合子はそんな二人の男を後に、ニセコ温泉に向った。杉野と今井も彼女の後を追いやがて雪の温泉町に着いた。百合子は、そこで初めて杉野に、今井をかつて愛したことがあるが、今井が不能だったため別れたこと、そして今井が三年後に男性を取戻したことを打明けた。だが、杉野と今井の間は、一層、険悪になっていった。翌朝、今井と言い争って杉野は雪山に飛び出して行った。夜、百合子と今井は不安に駆られて、杉野を探しに出かけ、山小屋で睡眠薬を飲んでふらついている杉野を発見した。杉野は異様な状態の中で、百合子を抱きすくめた。それを見た今井は、その場を去ったが、今度は杉野と百合子が今井の後を追った。追いついた杉野は、不能のために百合子と別れたという今井の秘密を、今井にぶちまけた。怒った今井は杉野に殴りかかり、杉野は自ら崖から身を躍らせた。百合子と今井は、崖下に駆けつけたが、杉野は教え子の女がいたことを告白しながら息を引き取った。百合子と今井は、冷たい雪の中で、暗然と杉野の死顔に見入っていた。
