小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面,在亚速特王国的超级机构城市,贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说,在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量,贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧?Polkenyon和Majana的起源是什么?他们如何携手对抗贾维斯,拯救亚速特王国?马吉安娜的最终命运是什么?神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始!
某天,时隔10年回到日本的少年一希东,突然遭到武装男子们的袭击,并被囚禁起来。而救出了东的人,是青梅竹马的少女朝吹黄金,以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。