将船只驶向目的地本应是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船的突然开火、与其他失控的学生船的战斗、遇险船的救援活动等等，他们历尽千辛万苦，克服了这些困难，最终安全返回陆地，在成员之间形成了牢固的纽带。在经历了一个月的动荡之后，正在享受考试假期的清风班成员遇到了新的危机——清风班将面临解体。在清风成员受到极大震动的同时，他们再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。之后，在清风危机爆发三个月后，横须贺举行了一场“比赛赛”，包括吴、五和和和佐世保在内的海洋学校的所有女学生聚集在一起举办文化和体育节。Ming Nai和清风班的其他成员也聚集在一起，为欢迎仪式做准备。来自大和号、信浓号、济一号等超大型船舶的班级也齐聚一堂，正当各种表演和比赛如火如荼地进行时，一场新的“危机”正在向他们逼近！
银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。
