在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
青春、友谊、爱情和情感照亮了樱花大学的男性公关系。在一系列令人捧腹的事件中，不同的情绪逐渐萌芽。这确实是一部无忧无虑的青春喜剧童话。
与清兵卫青梅竹马的朋江（宫泽里惠）同丈夫离婚回到娘家后，常到清兵卫家代他照顾母亲和女儿，招来不少蜚言蜚语。清兵卫显露高超剑技击退了无理纠缠的朋江的前夫，然而当朋江的哥哥建议他迎娶朋江时，他却因不想让朋江吃苦婉拒了好意，致使朋江自此绝迹于他家。藩主得知清兵卫的才能后，强命他前去处决一名力敌数人据守不出的反叛武士。临行前，清兵卫向朋江表白了隐藏心底已久的爱意，不想对方已经答应另一门亲事，清兵卫黯然踏上生死未卜之途。
