小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学,正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续,但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角!而景子竟然成为了直太家族的仆人,进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
神尾观铃(川上伦子 配音)自小体弱多病,孱弱的身体令她无法去学校上课,只能整日待在家中。然而,观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢,因为她相信,自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人(小野大辅 配音)是一位旅行中的人偶师,他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时,他发现,也许观铃正是他想要寻找的那个人。
在这三分钟的时间里,美玲总是带着好奇慢慢地开始研究周围那些陷入静止状态的人。有一天,美玲又表演了她的把戏,停顿了一会儿。这一次,她忍不住偷看了一个叫村上遥(由宫本裕也配音)的女孩的内裤。村上遥是班上公认的漂亮女孩。她不仅外表漂亮,而且成绩最好,在校园里很受欢迎。让美玲没有想到的是,她的偷窥行为完全被不受时空控制的村上遥捕捉到了。