2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
少女椿（松井良彦 配音）的母亲死于重病，没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子，于是，椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中，在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的，都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们，在这里，椿悲惨的遭到了他们的凌辱，沦为众人的奴隶，过着苦不堪言的生活。 马戏团里新来了一位能够将自己塞进狭窄玻璃瓶的侏儒魔术师，他的表演大受欢迎，很快就令快要倒闭的马戏团赚得盆满钵满，成为了老板眼中的聚宝盆。与此同时，椿和魔术师之间也产生了懵懂的感情，然而，就在两人决定双宿双飞之时，魔术师却遇见了意外一命呜呼。
