在暑假将至的某天，胜平通过谜之少女园崎 法子的指点，获悉自己已被选为了疼痛共享的系统“羁绊者”中的一员。园崎说过：“这是一个为了将充满纷争的世界，导向和平的实验。”于是，背负着彼此疼痛的少年少女们，开始了这个夏天的故事！
一个叫鸟男的旁观者走进新宿车站附近的一间书店里，偷了几本性科学和人体美术书，被店员梅子扭送到老板处。鸟男在被抓时还在不断的偷，并说“我差一点就要射精了”，被抓后鸟男也丝毫没有认罪的态度。老板对鸟男偷书的选择很赏识，反而拿钱叫梅子陪鸟男上餐厅。两人一起看偷来的书，互相挑逗，当夜作爱，但很不成功。 次日，两人请教性科学家，露骨的关于性爱的讨论和场面不断出现在银幕上，但两人兴趣索然。为刺激性欲，两人去偷看艺妓作爱，这些人为了帮助这两个缺乏性经验的男女，假装要强奸梅子，却假戏真做。深夜，梅子在书店把一本本有趣的书堆起来，每拿一本书，画面就出现作者的肖像，并朗读一段章节。后来。两个人加入了“现场剧院”的“期待扰乱戏剧”，梅子用月经模拟出剖腹的样子。此时，新宿街头的年轻人开始投掷石块。影片最后，反日共派的全日本学生自治会大联合的学生们在反战日袭击了新宿车站。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
