日本科学技术大学的教授上田次郎(阿部宽饰)主攻物理学。他向全日本的超能力者发出挑战,“如果能在我面前证明超能力的存在,将获得奖赏”。这一广告,吸引了落魄的魔术师,曾经日本第一魔术师山田刚三的女儿,山田奈绪子(仲间由纪恵饰)的注意。柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。