过去,如果环太平洋地区出现任何怪物,都会有专门设计的巨大机甲猎人击退它们并进行反击。但美好的时光并不总是美好的,现在澳大利亚被怪物肆虐,迫使整个大陆的人类撤离。泰勒和黑莉这对年幼的兄弟姐妹不幸迷路了,他们急切地寻找失踪的父母。
某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。