“私立天翔学园”位于巨大学园都市群的第七学区。 心事重重又不善言辞的转学生音之宫朔,在与歌唱社团和考古学社团中个性丰富的同学相处后,感受到与同伴们相处的愉悦。镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。