麻衣所在的学校出现了谣传,说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托,来到学校调查。同时被叫来的,还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时,发生了种种事故,这究竟是何种力量在作祟? 事件解决后,涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所(即SPR)打工。SPR接受各种委托,对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题,而且还会用现代科学解释。
“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎えようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。