真历十七年,第三银河帝国正式成立。地球上70%的人口已经实现了地外迁徙,人类社会也分裂为青年军政府建立的多尔西亚军事国家和扩大贸易协议的环大西洋条约组织ARUS。这两股主要力量此消彼长,争端仍在继续。
故事发生在《哥斯拉2:怪物之王》中,哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦,并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁,她开始了一场全球冒险,以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
東京郊外にある街。 その街の小高い丘の上に、小さな公園があった。 そこでいつも一緒に遊んでいた小さい頃からの仲良し6人組。 しかし4年生の時に、それぞれが転校する事になってしまった。