在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
在少年支仓孝平(小野大辅 配音)的记忆中,自己好像一直都在转学中,这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次,孝平转入了修智馆学院,这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望,孝平决定,一定要在这所学校里交到要好的朋友。
这起事件给了良太沉重的打击与创伤,因此他才希望代替黑猫仰望星空,找到传说中的外星人。这一天,美丽女孩黑羽宁子(种田梨沙 配音)转到良太的班级,他惊讶地发现,黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩,她不会九九乘法,却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太,并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太,宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太,还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。