东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子,脑外科值班医生南方仁(大泽隆夫 饰)为其顺利完成手术,手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷,再次醒来后发现自己已身处一片树林之中,有盘头武士在厮杀。在《Fate/Zero》中,与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年,韦伯·维尔维特。时光流转,少年继承了君主·埃尔梅罗的称号,以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份,在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——