在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
当一个男人得知他的女人结婚了，一对年轻夫妇之间的浪漫关系就中断了。与此同时，一位婚姻不幸的丈夫遇到了一位孤独的老师，他们之间有着不正当的关系。
欧菲对她出手相助，作为交换拜托她带领自己前往基姆拉克。欧菲等人消灭了敌人，终于抵达基姆拉克，等在他们面前的是以库欧为首长、执行魔术士暗杀工作的≪死亡教师≫们。欧菲最终抵达的《天使与恶魔的真实》是什么？阿莎莉将他带来此地的真正意图又是什么？种种思绪交错的壮大物语启动！
