2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月,其正体仍未判明,人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。
日本政府在各地建立经济特区,获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是,特区以外的地区,贫困不断加剧,贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”,将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”,排斥他们。 时光流逝,公元2035年。 脱离了为监视“Levinas”,镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽,与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那,各种人的思虑纷繁缠绕,故事向前发展。他们3个人前进的方向上,究竟有什么......
某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。