U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
二十一世纪，骑士正存在于现代世界。在中世纪欧洲诞生的骑士团大多数被卷入近代化和国家之间的纠纷由此消失，至此现在仅剩下了唯一的骑士组织。 那便是——现世骑士团。 从骑士团溜走的花房叶太郎，徘徊于市镇之际偶遇只身一人的少女·鬼堂院真绪。
在解开所有谜团的钥匙后，有机会解开20年前被黑暗笼罩的“特定事件”的真相。
