人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。
年轻的亚历克兄弟非常想念他们死去的母亲,他们愿意违反炼金术中最大的禁忌来提炼人体。但炼金术失败了。他的哥哥爱德华失去了左腿和右臂,弟弟阿尔方斯失去了身体。他只能把自己的灵魂附在一副盔甲上。
在一次事故中,乔纳森的父亲乔斯塔尔爵士(由金原正史配音)被一个名叫迪奥布兰多(由齐安武配音)的陌生年轻人救了出来。这位好心的爵士接受了自称无助的迪奥,迪奥以养子的身份正式进入乔斯塔尔家族。