故事发生在天之御船学园一年级七班内,这是一个十分特殊的班级,这里汇聚的,是背负着“负之业”的不幸少女们。虽然一辈子都没走过运但依然对生活充满了希望的花小泉杏(花守由美里 配音)、陷入了绝对不会有结果的单恋之中的云雀丘琉璃(白石晴香 配音)、体弱多病,常年缠绵病榻的久米川牡丹(安野希世乃 配音)、无时无刻不在迷路中的超级路痴萩生响(山村响 配音)、总是散发着吸引雌性生物的荷尔蒙并因此感到十分困扰的江古田莲(吉冈茉佑 配音)。 这些孩子们,虽然各有各自的不幸,但每一天依然努力的生活着,希望能够在不幸的间隙中找到属于他们的幸福。
四月一个下雨的早晨。开始枯萎的樱花被雨滴击倒,漂浮在死水之上。学生们打着五颜六色的雨伞,穿过高中大门。早上好,丽安。在鞋柜前,Ya说出了她连裤袜里的湿莲花。看起来有点忧郁的莲转过身来,看到浑身湿透的凡美扑向她,兴奋地说话。
ちょうどその時メルフェアランドでも、この世界のクイーンズブレイドが開催されようとしていた。 アリシアは元の世界へ帰る方法を探すのだが・・・