21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。战国时期,日本被鬼神等未知生命形式统治了150年,但只有“武士团”反抗其统治,并坚持不懈地斗争。武藏和小次郎也向往武士,并发誓有一天会组成最强的武士团。然而,他们居住的城镇将鬼神视为神,并将武士视为异端。