並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……
以及,当塞尔提的“头”暴露在光天化日之下时,事态朝着无人预期的结局发展——!
帕尔斯在战场之上节节败退,丢掉了大片的疆土,国家走到了灭亡的边缘,王子亚尔斯兰(小林裕介 配音)亦不得不踏上逃亡的旅途,一路上保护着他的,是忠诚而又强壮的骑士达龙(细谷佳正 配音),两人相互扶持,是否能够完成复国的愿景呢? 那尔撒斯(浪川大辅 配音)、耶拉姆(花江夏树 配音)、奇夫(大桥贤一郎 配音),一路上,亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友,他们相互信赖,相互依靠,彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中,一行人艰难的向着王都进发。