幕府时代，公仪介错人（为剖腹者斩首的刽子手）拜一刀（若山富三郎 饰）执行上层命令，为年幼的地方领主斩首。归来后梦见妻女被人所杀，心生不祥预感。柳生手下拜访拜一刀，看见堂中为断头者摆放的灵位，遂以谋反罪名密告柳生家族。
瞬间平息事态的这个男子，正是调到刑事科的架川英儿（西岛秀俊 饰）。他是从本厅的组织犯罪对策部，也就是所谓的“丸暴（“暴力团对策搜查官”的俗称）”中调离的刑警大叔…。就在这时，发生了在大学教授家工作的女管家被刺杀的事件。英儿和光辅组成搭档展开调查，在一起调查的过程中，英儿对一切都很完美的光辅产生了违和感…！？在这样的情况下，2人开始关照新上任的刑警水木直央（上白石萌歌 饰），但实际上直央是警视厅副总监的女儿——！？
在不久的将来，曾经熙熙攘攘的东京因核电站事件而成为一座死城，成为世界上最大的鬼城。然而，即使在这片荒凉的废墟中，仍然有幸存者在这里徘徊。20XX年，三名没有任何辐射防护设备的年轻女孩出现在旧东京。
