内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
只要人类拥有心,就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入,在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症,虽然无人知晓,但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症,有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。
在南国岛和英刚决斗后,E班成员和沙老师(福山润配音)的关系在3年内进一步缩小。尽管暗杀行动仍在进行中,但它似乎已成为师生互动游戏的重要组成部分。以茅野丰(Shozaki Ayama配音)为代表的学生们已经开始策划更令人兴奋的暗杀陷阱。