应该是KERORO小队从遥远的K Long宇宙入侵地球，但在剧场版中，他们将地球从可怕的危机中拯救了出来。。。这一次，最新出现在科罗军阀面前！最糟糕的！最强的敌人！！故事告诉了东树和科罗的团队参观印加帝国马丘比丘的足迹。
在RC1014中，连接地球和宇宙的轨道梯子首都塔被竖立起来，将光子电池作为地球能量的来源从宇宙带到人类手中，使其被视为圣地。在他的第一次飞行中，他的监护人组织首都卫队候补学生贝莉·詹南遭到了不明身份的G-SELF女士的袭击。Belly与MS进行了维护检查，并成功捕获了它。然而，Belly对G-SELF的司机产生了一定的感情，G-SELF是一个名叫アイーレイハントン. 除非满足特定条件，否则G-SELF不会启动，它已经与Belly产生了一定的反应。宇宙海盗和海盗的目的，被G-SELF选中的贝利的命运，以及震惊所有RC的真相——这些只是《伪装》的开始。
故事围绕着五位少年的校园生活展开，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面，描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。 在漫天樱花飞舞中，穗稀高中的学生迎来了开学典礼。
