在黑暗时代,妖术师果心居士唆使松永弹正夺取天下,一对青梅竹马的忍者恋人城太郎(真田广之 饰演)与篝火(渡边典子 饰演)成为了最无辜的牺牲品! 为了拯救被绑架的爱人篝火,城太郎与果心居士及其部下,展开忍术与邪术的决战..........
游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台,玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角,在追查神秘连续杀人事件时,潜在的“PERSONA”能力觉醒,同时也开启了进入异世界的大门,与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化,结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程;战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫,发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
与之相对,壁花小姐日向雏田(水树奈奈 配音)则始终站在角落里,默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾,怎奈无法鼓足勇气交给对方,喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚,雏田的妹妹花火(浅井清己 配音)遭到不明身份之人劫持,带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火,阻止地球毁灭,鸣人、雏田、小樱(中村千绘 配音)、鹿丸(森久保祥太郎 配音)和佐井奉命前去调查舍人(福山润 配音)的真身。在此过程中,鸣人不小心知晓了雏田的心意…… 本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间