2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多外国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等得力属下,并制定了周密的营救计划。
他们是悠的室友,和彦(大寶智子 饰)、直人(中野みゆき 饰)和则夫(水原里絵 饰),悠的死让他们心中思绪万千。某天,转校生薰(宮島依里 饰)来到三人面前,他的容貌竟和悠一模一样!亦梦?亦幻?少年的心中涌起波澜…… 本片根据萩尾望都作的漫画《トーマの心臓》改编,片中少年的角色全部由少女出演,本片荣获1989年横滨电影节最佳摄影和最佳导演奖。