《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
一天，这位知识渊博、洞察力强的主人公因涉嫌谋杀被带到警察局展开故事。然后，在审讯过程中，他注意到了案件背后隐藏的线索和侦探们的担忧。之后，他经常遇到麻烦，但他总是以自己的速度表达自己的观点，以解开谜团和心灵。
在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中，由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与，这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主，卫宫侍郎也受伤了，失去了英雄Saber。然而，为了保护小樱，侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱，也逃不过魔术师自己的命运
