一日,海人马琳(阿澄佳奈 配音)在海底捡到了一枚戒指,为了将它归还给失主,她和妹妹乌琳(堀江由衣 配音)来到陆地上,开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音(寿美菜子 配音),可是由于夏音的任性,戒指再度丢失。在寻找戒指的途中,马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺,世界陷入了危机之中。与此同时,栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒,作为“海之巫女”和“空之巫女”,女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗?
故事从在九州乡下长大的浅葱空豆(广濑铃 饰)与梦想成为音乐家的青年海野音(永濑廉 饰)的命运般的相遇开始。原本以为一辈子都不会再见面的两人却在东京一处开始了合租生活,他们早已坠入爱河,却没有开始恋爱,仿佛处在白天和黑夜之间的暧昧而耀眼的“黄昏时分”。